第二次世界大战爆发后的年，英国首相丘吉尔发出了“到欧洲放火”的 号令。从年10月起，多诺万选派了大批战略情报局人员赶赴英国的圣·奥尔本斯接受训练，到欧洲执行特种军事任务。实际上，战略情报局的基本工作就是搞颠覆活动。战略情报局派出的特别小组几乎遍及世界各地。
除了太平洋海军和 将军领导的部门不让其插足外，这些小组与法国的马基游击队、意大利的各派反法西斯主义者、缅甸的卡钦部落和西西里岛的黑手党一起行动；在中国和印度支那，他们也开展了广泛的行动。在希腊，战略情报局为游击医院，用骡队从一个村庄拉到另一个村庄。在南斯拉夫，战略情报局在当地游击队的协助下，建立了简易机场，营救了多名飞机机组人员。据当时同他在一起的布鲁斯回忆：多诺万说，他们不敢当俘虏，他们没有这个权力，因为他们知道的太多了。
如果陷入绝境，他们就应服毒。他向布鲁斯保证，没有毒药也别担心，“如果我们将要被俘，我会首先枪毙你，毕竟我是你的指挥官；然后我就对准自己的太阳穴”。多诺万认为，在“霸王”战役中，战略情报局应该扮演一个主要的角色，至少与它的同行英同特别行动执行局扮演同样的角色。自年以来，特别行动执行局一直控制着盟国与法国抵抗力量的关系。按照多诺万的看法，英国人想的和做的都不够广泛：它的行动只限于跟这儿的一个间谍取得联系，同那儿的一个秘密电台报务员或地下组织打打交道，所有这些都反映了这是英国人企图单独控制这场战争而采用小本经营的年头。
到了年，战局已经大大改观，多诺万决心大干一番。他首先实施了一项向法国抵抗组织“马基”大规模提供武器的计划。他要的是尽可能多的武装起来的法国人去反对纳粹。实事求是地说，在战略情报局时期，多诺万与英国人以及一些美国右翼人士不同，他能够吸收一些共产党人和左翼人士共同战斗。曾有一名助手反对吸收左派分子参与战略情报局的秘密行动，多诺万对此耸耸肩说：“只要能帮助打败希特勒，即使斯大林参加战略情报局，我也会同意的。”年6月6日，百万盟军在法国的诺曼底登陆。根据多诺万的请求，美国空军大大加快了供应速度，一次出动架轰炸机向“马基”空投物资。
为了发挥“马基”的潜力，美国战略情报局与英国特别行动执行局实施了一项代号为“杰德堡”的军事行动计划。经英国人在英伦三岛训练的每个杰德堡小组由3～5名来自不同国籍的特工人员自愿组成。从6月6日那天起，91个杰德堡小组全副武装地空降到法国“马基”控制区，他们在那里与地下组织取得联系，武装和训练游击队，协调与盟军 统帅部的活动。在6月6日以后的日子里，整个法国的公路路标几乎都指向相反的方向，给德军造成了极大的混乱。
杰德堡小组还教会“马基”人员在德军坦克的油箱里扔进一、两块方糖，使“虎”式坦克顿时趴窝。仅在法国北部，杰德堡小组成功地破坏了多家为德国人生产战争物资的工厂。说来方法很简单：一个杰德堡小组成员面见工厂经理，要挟他答应破坏某部机器，以免整个工厂被摧毁。大部分工厂经理都同意了。少数不同意者对杰德堡小组迅速而准确地招来飞机轰炸他们的工厂感到目瞪口呆。仅在6月5日至6日的夜间，杰德堡小组与“马基”袭击了要他们担负的个铁路目标中的个目标。
6月7日，杰德堡小组和“马基”战士阻击德军向诺曼底增援。德国第二装甲师整整被拖滞了17天！对于这立竿见影的成效，战略情报局与美国空军迅速向“马基”增补物资。曾经指责多诺万“鲁莽行事，缺乏政治经验”的英国情报机构不吱声了，丘吉尔则高兴得连连搓着手说：“闹得好！闹得好！”在诺曼底登陆期间，战略情报局参加了大规模的欺骗行动，使德军以为诺曼底登陆只是一种佯攻，盟军的真正意图在加莱半岛。
结果，这一计谋大获成功，把德军第15集团军共22个师从诺曼底正面牵制过去。在大反攻期间，战略情报局的两名年轻特工在法国抓住了正在发报的德国间谍，就地将他变成双重间谍，就像英国人使用德国间谍那样，让他向柏林发送假情报……总之，战略情报局在法国南部的行动十分成功，他们获得了英国的 奖赏，并受到第7集团军总指挥帕奇将军的表彰，他高度赞扬战略情报局“情报十分准确，行动极为迅猛”。
在众多的隐蔽行动中，美国战略情报局的一位心理战专家还设计了一个代号为“玉米片”的秘密计划，其目的是通过渗透德国邮政系统的方式将反法西斯宣传品散布到德国人的早餐桌上。例如，有一张美国印制的邮票，把希特勒画成骷髅，凶煞恐怖，象征着死亡与邪恶。仿制德国的邮包，而里面夹有反法西斯文字内容的宣传品。这些邮包由美国空军在执行轰炸攻击任务时，投撒在德国的编组车站和火车站等地，装作从被炸毁的邮车中散落的邮包。可以说战略情报局对二战中盟军的胜利起到了非常打的作用，他们不但破坏军事设施还瓦解纳粹的民心，更加速了战争的结束。
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